台灣與澎湖本島之間的交通有航空與海路兩種，班次密集，七、八月旅游旺季，機票幾乎都被旅行社預訂一空，因此若自行前往得提前二個月預訂。
1.飛機
台北、台中、嘉義、台南、高雄、屏東等地都有班機往來馬公機場，台北到澎湖航空公司航線：台北←→馬公有遠東、復興、立榮。
馬公航空站地址：澎湖縣湖西鄉隘門村126-5號
機場至馬公市區可搭乘公車或計程車，後者車資約350~400元台幣。
2.海運
嘉義、高雄兩地分別有船班往來澎湖；海王星號/嘉義（布袋）←→鎖港，航程約90分鐘，此航線冬季停航；台華輪/高雄←→馬公，航程約4小時。可以從台北先坐高鐵或火車到達高雄或嘉義，再坐輪船。船班隨季節與天候狀況，會有所調整，行前請多聯絡查詢。輕型客輪並非每日開航，冬季或天候不佳時多停航，冬季僅有台華輪。
票價：高雄-馬公特等艙全票新台幣1700元；頭等艙新台幣1300元；臥鋪艙新台幣980元；座臥艙、B1、B2、B3座艙新台幣860元；VIP室每航次包艙費6000元/間 ，每間限兩名乘客，共兩間。
馬公-高雄特等艙全票新台幣1619元；頭等艙新台幣1238元；臥鋪艙新台幣933元；座臥艙、B1、B2、B3座艙新台幣819元；VIP室每航次包艙費5714元/間 ，每間限二名乘客，共兩間。
馬公港-布袋港（滿天星號、今一之星、凱旋3號、百麗號）：
票價：布袋-馬公：全票新台幣1000元，馬公到布袋新台幣950元。
