目前到澎湖的船共有三種，分別為嘉義布袋港的明日之星與滿天星號、台南安平港的天王星號以及高雄港的台華輪與遠翔公主號。台華輪的噸位比較大，連汽車也可運送，若您有需求，可將您的車透過台華輪運送到澎湖來，不過價錢不便宜，此外台華輪也於假日(每周五晚上)有夜航的班次，也就是晚上11:00由高雄開船，早上約5:30到達澎湖，網友們可多加利用。詳細船班時間以及船票價格如下表：

客輪名稱

航線

航班時間

搭船地點

聯絡電話

台華輪

(費用：860~1700)

高雄<-->馬公

航行約4小時

高雄-->馬公 9：30開船

馬公-->高雄 16：00開船

高雄市新濱一號碼頭搭

馬公港搭船

(07)5613866

(06)9264087

凱旋三號

(費用：1100)

台南<-->馬公

約2小時

台南-->馬公 9：00開船

馬公-->台南 16：00開船

台南安平港

馬公港搭船

(06)291-1670

今一之星

(費用：1000)

嘉義布袋<-->馬公

約90分鐘

嘉義布袋-->馬公 10：00開船

馬公-->嘉義布袋 17：00開船

嘉義縣布袋港

馬公港

(05)3476210

(06)9260666

滿天星

(費用：1000)

嘉義布袋<-->馬公

約90分鐘

嘉義布袋-->馬公 10：00開船

馬公-->嘉義布袋 16：30開船

嘉義縣布袋港

馬公港

(06)9269721 鄭和一號

(費用：1300)

台中港<-->馬公

約150分鐘

籌備中

台中港

馬公港