澎湖離島的交通，可分成北海、東海、南海三個區塊(參看下列表格)。就版主的經驗，各游艇公司推出行程的價格大致相同，不過可事先比較行程中所包含的內容，如總價有無包含浮潛.......的價錢或僅是純交通費用。基於常有旅客詢問各航線的價格，版主特別整理一些資料供網友們參考。詳細船班以及船票價格如下表：
北海交通
航線
船公司
搭船地點
訂價備注
赤崁<-->吉貝夏威夷、白沙、名揚、新北海、金八達快艇
赤崁碼頭
250元
來回船票
後寮<-->吉貝海洋之星
後寮碼頭
250元
來回船票
赤崁-->吉貝-->險礁-->赤崁
名揚快艇
赤崁碼頭
500元
險礁免費浮潛
(不包含水上活動)
赤崁-->吉貝-->澎澎灘-->赤崁
新北海快艇
赤崁碼頭
500元
來回船票 (不包含水上活動)赤崁-->吉貝-->目斗-->赤崁
白沙快艇
赤崁碼頭
800元
免費目斗嶼浮潛
(不包含水上活動)
以上均不包含任何水上活動。
夏季至吉貝的船班非常的多，大約30分鐘即有一班，不過夏季前往吉貝的旅客很多，仍建議您事前找代辦業者預約，以免延誤時間，船公司套裝行程可參考北海之旅。
冬季至吉貝的船班僅有海洋之星，而且搭船地點改至赤崁碼頭，每天僅有二個航次，要前往的人需特別注意(海洋之星聯絡電話：06-9911278)。
東海交通
航線
船公司
搭船地點
訂價備注
岐頭-->員貝-->島嶼(上午 11:00)
吉鴻號(交通船)
岐頭碼頭
50元
(單程)
06-9916156
岐頭-->員貝-->島嶼(上午7:00、下午 14:00)
武雄號(交通船)
岐頭碼頭
50元
(單程)
06-9916066
岐頭-->員貝-->岐頭
員貝生態渡假村 /
元貝海洋牧場
岐頭碼頭
1600元
套裝行程
岐頭-->島嶼-->岐頭
銀海 / 銀河 游艇公司
赤崁碼頭
1300元
套裝行程沙港-->中途島-->沙港
邁阿密 / 歐船長
岐頭碼頭
800~1300元
套裝行程
目前往東海的船分成快艇與交通船兩種，快艇大部份均是以套裝行程為主，每天僅有一個班次；而交通船則為當地居民搭乘的運輸工具，每天固定有二個船班時間，建議您依需求選擇搭乘
東海是澎湖近幾年來新興開發的區域，以生態之旅的活動為主，大部份的活動內容包含踏浪、浮潛、水中喂魚秀、釣魚、抱墩、柵網、獨木舟、製作魚拓與各無人島巡航介紹澎湖自然的奇巖怪石為主(注：各家業者的活動內容與地點各有不同)，非常適合親子團或者是不想玩水上活動的旅客，各船公司的套裝行程內容可參考東海之旅。
由於一般旅客對海域不熟悉且不了解漲退潮時間，版主建議參加船公司的套裝行程會比較安全。
南海交通
航線
船公司
搭船地點
訂價備注
四島行程
七美、望安、虎井、桶盤
海安快艇、東北航運、愛之旅游艇、正明游艇、金八達
馬公南海碼頭
600~750元
(來回行程)
套裝行程
三島行程望安、虎井、桶盤
海安快艇、東北航運
馬公南海碼頭
400~550元
(來回行程)
套裝行程
二島行程
七美、望安(桶盤)
海安快艇、金八達
馬公南海碼頭
600~750元
(來回行程)
套裝行程
馬公09：00-->望安10：00
-->七美11：30
恆安一號
馬公南海碼頭
265元
(單程)
七美13：00-->望安14：00
-->馬公15：30
恆安一號
馬公南海碼頭
265元
(單程)
交通船
目前往南海的船也分成快艇與交通船兩種，快艇大部份均是走套裝行程為主，每天上午出發至南海四島、三島或二島游玩；而交通船每天有固定一個船班，且航行時間較長，版主建議您依需求選擇搭乘，詳細行程可參考南海之旅。
南海，不同於北海與東海的碧海、白沙、淺礁所營造出的海上樂園風貌，南海的水更藍、地勢更狀闊、人文歷史更加豐富，由北往南航行，有桶盤、虎井、望安、七美等共四座較著名的島嶼，每個島嶼各有其特色，活動方式均以靜態的風景參訪為主。
